L'histoire commence lorsqu'un archipel nommé les Îles Kark apparaît près de la ville de Ryza, notre protagoniste. Y voyant une menace pour leur foyer, Ryza et ses amis décident d'enquêter sur les îles et y découvrent des ruines et un immense portail. Alors que Ryza s'en approche, une étrange voix résonne dans sa tête et lui indique d'atteindre le Code de l'Univers.
Se déroulant un an après les événements d'"Atelier Ryza 2", ce jeu dépeint le dernier été d'aventures de Ryza et ses amis alors qu'ils dévoilent les origines de l'alchimie et découvrent les mystères de leur monde.
Cette édition inclut de nouvelles histoires, de nouveaux personnages jouables ainsi que de nouvelles fonctionnalités ajoutées à "Atelier Ryza 3: La Fin de l'Alchimiste & la Clé Secrète".